A Escola da Magistratura do Paraná é dirigida por uma Diretoria composta de um Diretor-Geral, um Supervisor Pedagógico e um Coordenador Geral de Cursos. Cada Núcleo Descentralizado é dirigido por um Diretor de Núcleo e um Vice-Diretor. O Núcleo de EAD é dirigido por um Diretor de Núcleo e Coordenadores de Cursos ou de Áreas.
Cada gestão tem mandato de 2 (dois) anos. O Diretor-Geral, nomeado pelo Presidente da Associação dos Magistrados, indica o Supervisor Pedagógico, o Coordenador de Cursos e os Diretores dos Núcleos. Cabe ao Diretor de Núcleo indicar seu Vice-Diretor, os Coordenadores de Cursos ou de Áreas e nomear, por portaria, os professores.
Os atos da administração da EMAP são definidos em colegiado, nas reuniões do Conselho Técnico agendadas para a última sexta-feira dos meses pares, composto dos seguintes membros, com direito a voto: Presidente da Associação dos Magistrados do Paraná, seu presidente nato, Diretor-Geral, Supervisor Pedagógico, Diretor do Departamento Cultural da Associação dos Magistrados do Paraná, um representante do Tribunal de Justiça, Diretores de Núcleos e Coordenador-Geral de Cursos.
A estrutura organizacional da EMAP está representada na figura 1, que segue, e cada órgão indicado, compreende atribuições específicas que se complementam, conforme consta do Regimento Interno da Instituição.
